L’assemblea general és l’òrgan superior de govern i representació de la FCFS, i els acords que adopti són vinculants per a tots els seus membres afiliats, així com per a les persones sotmeses a la potestat jurisdiccional de la FCFS.

La composició de l’assemblea general és la següent:

1. El president de la FCFS.
2. Les entitats establertes a l’article 38 del Decret 58/2010, de 4 de maig, regulador de les entitats esportives de Catalunya i les que consten a l’article 20 en els termes que s’hi regulen, sempre que constin inscrites al Registre d’entitats esportives i tinguin una antiguitat d’afiliació mínima d’un any. Les entitats privades no esportives han de tenir adscrita en el Registre d’entitats esportives la seva secció esportiva i tenir una antiguitat d’afiliació mínima d’un any. La representació de les entitats esportives recau en el president o presidenta, o en el cas d’impossibilitat manifesta per exercir la representació, en la persona que ocupi la Vicepresidència, sempre que consti inscrita en el Registre d’entitats esportives com a membre de la Junta directiva amb el mandat en vigor, i que els estatuts vigents i inscrits li permetin actuar en representació de l’entitat. La representació de les entitats privades no esportives recau en el seu representat legal sempre que consti inscrit amb el mandat en vigor en el Registre públic corresponent, o en el responsable de la secció esportiva, sempre que aquest consti degudament inscrit en el Registre d’entitats esportives de la Generalitat de Catalunya. En el cas que manqui la inscripció al Registre o hagi expirat el mandat, pot actuar en representació de l’entitat la persona que acrediti notarialment la representació de l’entitat membre.
3. Un representant dels estaments d’àrbitres, jugadors i tècnics, escollits d’entre els seus membres, mitjançant sufragi lliure, directe, presencial, igual i secret. Tenen la consideració d’àrbitres, jugadors o tècnics, als efectes de poder representar el seu estament, aquelles persones majors d’edat que, en possessió de la llicència preceptiva, hagin participat, com a mínim, en una competició o prova del calendari oficial de la FCFS en la temporada en curs o en la immediatament anterior al moment de convocatòria d’eleccions. La durada del seu mandat serà de 4 anys, i el seu nomenament, per part del col·lectiu que representin, l’hauran d’aconseguir mitjançant elecció, organitzada i convocada per la pròpia FCFS en la que podran intervenir, com a candidats i electors, tots els membres de cada estament. La junta directiva de la FCFS donarà la necessària publicitat al calendari d’aquestes eleccions, a les que seran d’aplicació subsidiària, en tot allò no previst a la convocatòria, les normes reguladores de l’elecció dels membres de la junta directiva.

L'assemblea general té les següents competències amb caràcter general:

1. Aprovar l'informe o memòria de les activitats de l'exercici vençut.
2. Aprovar els comptes anuals del corresponent exercici econòmic.
3. Aprovar el pressupost de l'exercici següent.
4. Aprovar el pla general d'actuació anual i el calendari esportiu oficial. Les modificacions puntuals del calendari esportiu no necessiten la convocatòria d'una nova assemblea general.
5. Aprovar la convocatòria d'eleccions dels càrrecs de representació, el reglament i calendari electoral i escollir els membres de la junta electoral.
6. Elegir els membres, respectant el principi de paritat, que han de formar part de la junta directiva i ratificar els nomenaments provisionals a què fa referència aquests Estatuts.
7. Resoldre les propostes que la junta directiva acordi sotmetre a l'assemblea.
8. Resoldre les propostes que les entitats esportives afiliades vulguin presentar a l'assemblea, sempre que tinguin el recolzament d’un nombre no inferior al 10% del total d'assembleistes i es presentin per escrit a la secretaria General de la FCFS amb 10 dies d’anticipació, com a mínim, a la data de la seva celebració, a fi de quedar incloses en l’ordre del dia.
9. Aprovar qualsevol modificació o reforma dels estatuts i reglaments.
10. Aprovar el vot de censura.
11. Fixar el preu de les llicències.
12. Establir les quotes de les targetes recreatives o de serveis.
13. Establir quotes extraordinàries o derrames.
14. Aprovar l'adquisició, venda o gravamen dels béns o prendre diners en préstec, el valor dels quals superi el 25% del pressupost anual de l'exercici. Caldrà també informe preceptiu favorable de l'Administració esportiva de la Generalitat.
15. Proposar la incorporació o segregació d'alguna disciplina esportiva o la fusió amb una altra federació.
16. Dissoldre la federació.
17. Totes les que necessitin, per la seva gran transcendència, l'aprovació de l'assemblea general.

La junta directiva es l'òrgan de govern, de gestió i d’administració de la FCFS que té la funció de promoure, dirigir i executar les seves activitats esportives de la FCFS i gestionar el seu funcionament d’acord amb l’objectiu social i els acords de l’assemblea general.

La junta directiva té les següents competències amb caràcter general:

1. Estudiar i redactar les ponències que cal sotmetre a la consideració de l'assemblea general.
2. Fixar les dates de convocatòria de les reunions de l'assemblea general, tant ordinàries com extraordinàries, i l'ordre del dia de cadascuna.
3. Aprovar, en primera instància, les memòries d'activitats realitzades i la liquidació de l'exercici econòmic vençut amb el balanç i el compte de resultats així com el pressupost que cal sotmetre a la consideració de l'assemblea general.
4. Regir i governar la FCFS, així com regular-ne l'organització administrativa.
5. Designar d'entre els seus membres, i a proposta del president, les persones que han de presidir els diferents òrgans de col·laboració de la FCFS.
6. Nomenar els membres dels Òrgans Jurisdiccionals federatius.
7. Nomenar els Delegats Territorials de la FCFS i, si s’escau, els Delegats Comarcals.
8. Nomenar, d'acord amb el que s'estableix en aquests estatuts, els substituts dels membres de la junta directiva que hagin cessat o hagin estat suspesos del seu mandat.
9. Aprovar les operacions de crèdit que no superin el 25% del pressupost anual de la Federació o bé el 25% del patrimoni que consti en balanç.
10. Establir totes les directrius necessàries per al millor desenvolupament dels diferents programes d'actuació.
11. Acordar l'admissió de les noves entitats afiliades de la FCFS que ho haguessin sol·licitat per escrit.
12. Decidir sobre qualsevol altra qüestió, el coneixement de la qual no estigui atribuïda d'una manera expressa per aquests Estatuts a cap altre òrgan federatiu.
13. Aprovar per majoria absoluta els contractes d’alta direcció que hagi de formalitzar la FCFS, tot fixant la quantia de la remuneració i la resta de condicions del contracte.
14. El nomenament, quan legalment correspongui, de les comissions gestores de les entitats afiliades a la FCFS, l’activitat principal de les quals sigui l’esport del futbol sala.
15. Resoldre qualsevol cas no previst en les bases de competició aprovades per l’assemblea general.

La FCFS s’estructura orgànicament per mig de 4 classes diferents d’òrgans funcionals:

1. els òrgans de govern i representació,
2. els òrgans col·laboradors,
3. els òrgans de gestió i
4. els òrgans jurisdiccionals.

Els òrgans de govern de la FCFS són: l’assemblea general i la junta directiva.

Per a l’execució i desenvolupament de les funcions de govern, la FCFS té necessàriament com a òrgans col·laboradors: el Comitè d’Àrbitres, el Comitè Tècnic i el Comitè Esportiu i de Promoció, així com qualsevol altre comitè que l’assemblea general de la FCFS estimi convenient crear en cada moment pel millor compliment de les finalitats federatives. 

Els òrgans de gestió de la FCFS poden ser: la gerència i la secretaria general, així com qualsevol altre que l’assemblea general de la FCFS estimi convenient constituir per al millor funcionament administratiu de la Federació.

Els òrgans jurisdiccionals de la FCFS són: el Comitè de Competició i de Disciplina Esportiva, el Comitè d’Apel·lació, els quals gaudiran de total i absoluta independència de qualsevol altre òrgan federatiu, així com la junta electoral durant els processos electorals federatius.